Citación del post de
Dasije
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Una de las limitaciones más gordas que tiene, son los cambios de estructura de archivo
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Esto lo no lo veo yo un problema, de toda la vida en los ficheros se ha previsto FILLER-s precisamente para lo que dices. Nunca he hecho un fichero estrictamente según la estructura que se necesita en el momento. Y normalmente no suele haber cambios tan gordos en una aplicación como para cambiar la estructura entera un fichero. Si se añade algo gordo, se crea un fichero nuevo con su estructura y listo.
Si no, también hay la opción de un VB (longitud variable), y definir tipos de registro con distintas estructuras, 01, 02, 03 etc.
La ventaja de SQL es la conectividad a distancia y SGBD. Pero son cosas que se puede hacer también, porque las SGBD vienen a ser software de gestión de ficheros, y la conexión a distancia es todo basado en SOCKET-s.