Dasije, échale un ojo a este tema que he creado hace un tiempo:
[Información] Velocidad y rendimiento: BBDD/Ficheros Indexados - COBOL Foro
Los FILLER-s no se hacen en fichero para reservar memoria, sino para alterar la estructura. A lo que tú te refieres creo que son los FILLER-s en LINKAGE, para no tener que recompilarlo todo si la nueva parte se usa sólo en la evolución. Al revés, antes no se declaraban variables innecesarias para ahorrar memoria.
Una BBDD nunca será más rápida que los ficheros indexados, si está todo bien pensado. Y aunque sea un bucle secuencial, y la BBDD trabaje con íncides adicionales, la capa de software intermedia de SGBD ya quita bastante velocidad. Las BBDD tienen otras ventajas, entre las cuales está la comodidad.