Pues o es un fallo de la versión 3 o no se me ocurre qiue puede pasar, yo en FILE-CONTROL, inserto todos los ficheros con más o menos la misma estructura:
Código COBOL:
000001 SELECT OPTIONAL MENSAJES *> FICHERO DE MENSAJES
000002 ASSIGN TO FILEMEN
000003
000004 ORGANIZATION IS INDEXED
000005 ACCESS MODE IS DYNAMIC
000006 RECORD KEY IS MENCOD
000010 ALTERNATE KEY IS MENFEC WITH DUPLICATES
000020 ALTERNATE KEY IS MENREC WITH DUPLICATES
000999 LOCK IS AUTOMATIC WITH LOCK ON RECORD
001000 FILE STATUS IS STMEN.
Prueba a hacer la estructura más o menos así y nos comentas algo ...
Un saludo.-