Joseg, habrá que tener en cuenta que Java es Unicode. Seguramente tengas que usar NATIONAL PICTURE o en la Clase Java usar Byte o conversión de String a Byte y viceversa.
Cuando tengas resultados publícalos. O si tienes problemas, coméntalo también, posiblemente te pueda ayudar.

---------- Post añadido : 19:41 ---------- Post anterior : 10:52 ----------
Joseg, este código funciona:
Código Java:
import java.util.Base64;
import java.util.Base64.Decoder;
import java.util.Base64.Encoder;
public class Base64EncodeDecode {
private static Encoder encoder = Base64.getEncoder();
private static Decoder decoder = Base64.getDecoder();
public static byte[] EncodeBase64 (byte[] inText) {
return encoder.encode(inText);
}
public static byte[] DecodeBase64 (byte[] inText) {
return decoder.decode(inText);
}
}