Para hacer eso, debes de llamar al .BAT con la ruta completa.
En el caso de que el .BAT llame a otros .BAT debes de posicionarte en esa carpeta y ejecutar.
Ejemplo:
Si quieres llamar a programa.bat que está en la carpeta z:\programa debes de hacer un .bat (ejecuta.bat) que se posicione y ejecute
ejecuta.bat
Código Bash:
z:
cd \programa
programa.bat
Tu programa cobol, en vez de llamar a z:\programa\programa.bat debe de llamar a ejecuta.bat