@DestinedBroken, hola.
A ver, la ventana "dos" que ves con cada ejecución no se puede dejar abierta porque se abre al iniciar el ejecutable.
Yo no uso VS, hace poco me lo he instalado para ver qué tal pero lo he visto muy poco.
Yo siempre he usado Eclipse, que es lo más común porque antes Visual COBOL de MF solo funcionaba con VS de pago.
Eclipse tiene una vista llamada "consola" integrada en el IDE. Esto lo que hace en la mayoría de casos es redirigir STDOUT y STDERR hacía la consola de Eclipse y no se abre una ventana nueva.
Intuyo que en caso de VS Code debe ser el caso de la vista (pestaña) "OUTPUT".
Qué tipo de ejecutable estás generando?
Posiblemente habría que jugar con
Cuéntanos también lo del plugin, que no me he entero. Tenías que descargar el VS Code + VC de MF e instalarlos. Pero qué plugin has instalado en VS Code por separado?