@DestinedBroken, si
Project->Build Automatically está activo, no aparece la opción Compile.
Ahora mismo estás generando (por defecto) un solo ejecutable con todos los programas del proyecto. Veo que tienes un programa con error, el "Hola Mundo".
Haz lo siguiente:
- Vete a propiedades de Proyecto->Micro Focus->Build Configuration->Link y en Target Type elige All Int/Gnt Files
- Luego a propiedades de Proyecto->Micro Focus->Project Settings->COBOL y en Compile to .gnt elige Yes