@Joseg, la opción para indexados dice lo siguiente:
gnucobol/configure.ac at master · phoikoi/gnucobol · GitHub
Código:
AH_TEMPLATE([WITH_INDEX_EXTFH], [Compile with an external ISAM handler])
Esto quiere decir que hay que obtener el File Handler (FH) correspondiente. O sea que GnuCOBOL él mismo no tolera ficheros RMKF de MF y RM.
Resumiendo: según entiendo, GnuCOBOL no sabe tratarlos pero permite ligar un FH externo.
En algún lado en el foro teníamos algún que otro comentario sobre el tema.