Ás vezes só precisamos de tomar um café e repensar...
Já encontrei o erro.
Tem que copiar o ficheiro "COBF-INF.cbl" que está na pasta do Fujitsu Cobol para onde está o programa.
Código COBOL:
WORKING-STORAGE SECTION.
COPY COBF-INF.
PROCEDURE DIVISION
MOVE LOW-VALUE TO COBF-INF.
MOVE WFILENAME TO COBF-INPUT-FILENAME.
MOVE WFILENAMEOUT TO COBF-OUTPUT-FILENAME.
CALL "COB_FILE_REORGANIZE" USING BY REFERENCE COBF-INF.
Saludos