@Matrix40, hola y bienvenido.
Me suena este tema, échale un vistazo a algunos temas que existen ya en el foro, como este:
[Información] Lentitud ficheros PowerCobol Win 2016 Server/VPS - COBOL Foro
Otra cosa, si sólo va lento cuando hay 2 programas que acceden a los datos, no podría ser una gestión incorrecta de bloqueo de ficheros/registros (hay accesos simultáneos a registros/ficheros ya en uso)?